โรงเรียนวัดเขมาภิรตาราม มีระบบการจัดการผลการปฏิบัติงานของ บุคลากร เพื่อให้การดำเนินงานบรรลุเป้าหมายดังนี้ 

1. ฝ่ายบริหารส่งเสริมให้บุคลากรมีการเรียนรู้ ฝึกฝน ปฏิบัติและปรับปรุงการทำงานอย่างต่อเนื่องเพื่อเพิ่ม ประสิทธิภาพของงานอยู่เสมอ จัดให้มีการประชุมสัมมนา ศึกษาดูงานเพื่อให้บุคลากรมีการปรับตัวให้ทันต่อการ เปลี่ยนแปลง เพื่อให้บรรลุวิสัยทัศน์พันธกิจและค่านิยมของ องค์กรโดยมีเป้าหมายร่วมกัน 

2. การบริหารค่าตอบแทน การให้รางวัล การยก ย่องชมเชย และการสร้างแรงจูงใจแก่บุคลากร โรงเรียนวัด เขมาภิรตารามใช้หลักธรรมมาภิบาล และ แนวคิดที่ว่า “คน สำราญ งานสำเร็จ” มาบริหารจัดการองค์กร เพื่อให้ บุคลากรทุกคนอยู่อย่างมีความสุข เกิดความมั่นใจสูงสุดต่อ ผลที่ได้รับจากการปฏิบัติงานว่ามีความเสมอภาคและ ยุติธรรม เช่นการพิจารณาเลื่อนขั้นเงินเดือน/เพิ่มค่าจ้าง กระทำทุกรอบ 6 เดือน โดยมีการแต่งตั้งคำสั่งพิจารณา ความดี ความชอบ โดยให้หัวหน้ากลุ่มงาน หัวหน้ากลุ่ม สาระฯและรองผู้อำนวยการกลุ่มบริหารต่าง ๆ ประเมิน ประสิทธิภาพการทำงานของบุคลากรตามเอกสารที่โรงเรียน จัดทำขึ้น จากนั้นจึงตั้งคณะกรรมการประชุมเพื่อพิจารณา กลั่นกรองอีกครั้ง เพื่อให้ข้อมูลนั้นถูกต้องเป็นไปตามจริง  อีกทั้งบุคลากรทุกคนรายงานผลการปฏิบัติงานตามรอบการ ประเมิน (SAR) เพื่อประกอบการพิจารณาการเลื่อนขั้น เงินเดือนให้สอดคล้องตาม ปริมาณงานและคุณภาพงาน ของบุคลากรในรอบการประเมินนั้น ๆ เมื่อได้ข้อสรุปผล คะแนนจากการประชุมจะแจ้งให้บุคลากรรับทราบกันอย่าง ทั่วถึง เพื่อให้เป็นไปตามหลักการทำงานที่มุ่งเน้นความ โปร่งใส ไม่เลือกปฏิบัติ และตรวจสอบได้